Il trattato di pace fu concluso nel marzo 1573 con Venezia che accettava sia di pagare una pesante indennità di guerra sufficiente per coprire tutte le spese del Sultano sostenute nel conflitto, sia di rinunciare a tutte le pretese veneziane su Cipro. L'acquisizione da parte dell'Impero Ottomano fu largamente accolta dalla popolazione locale, che in qualche modo collaborò con gli invasori e che anticipò i cambiamenti in meglio. Per cominciare, le loro speranze erano giustificate. Va ricordato che i Veneziani erano proprietari terrieri stranieri a Cipro, e il primo passo dei governatori ottomani fu di abolire il sistema feudale, dando la proprietà della terra alle famiglie contadine che vi avevano lavorato.
La Chiesa ortodossa fu liberata da secoli di controllo da parte della gerarchia latina e la sua precedente tradizione di indipendenza riaffermata sotto l'arcivescovado restaurato. D'altra parte, la chiesa cattolica dei crociati e i governanti veneziani furono espulsi. I loro edifici furono confiscati e convertiti in moschee o venduti alla Chiesa ortodossa. Il cattolicesimo divenne un reato punibile, così i cattolici furono costretti a scegliere tra la conversione al cristianesimo ortodosso, la conversione all'islam o l'esilio. La maggioranza scelse il cristianesimo orotodosso, ma il risultato fu che la popolazione cominciò ad assumere la struttura etnica che ancora oggi possiede, cioè la divisione tra popolazione greca e popolazione turca.

Dopo la sconfitta dei Veneziani, Lala Mustafa Pasha, il comandante turco, scelse 12.000 soldati per rimanere sull'isola per la formazione della guarnigione difensiva di Famagosta, Nicosia e Kyrenia. Le forze militari furono integrate da altri 20.000 soldati disarmati e da 2.000 cavalieri rimasti come coloni. Queste persone costituivano il nucleo originario della nascente comunità turco-cipriota i cui membri erano di origine turca. Furono anche adottati provvedimenti per aiutare tutti i soldati con legami sulla terraferma a portare a Cipro le loro mogli e i loro figli.

Tuttavia, secondo il parere di Sinan Pasha, che sostituì Lala Mustafa Pasha, l'isola era ancora fortemente bisognosa non solo di più residenti in generale, ma anche di abili artigiani. Di conseguenza, il Sultano Selim II emano' un decreto per il trasferimento di una famiglia su dieci dall'area della (moderna) Turchia meridionale. Fu inoltre stipulato che le loro proprietà dovessero essere vendute per il loro valore di mercato effettivo e che tutti i fondi accumulati in tal modo dovessero essere forniti a loro per il loro uso a Cipro. Inoltre, al fine di fornire ulteriore assistenza, furono esenti da ogni imposta per i primi tre anni di residenza a Cipro.

Al fine di assicurare lo sviluppo effettivo dell'isola, le persone inviate a Cipro furono, come parte del programma di ricollocazione, selezionate sulla loro integrità morale. Inoltre, furono compiuti sforzi per far arrivare artigiani che coprissero una vasta gamma di competenze note per essere di scarsa disponibilità sull'isola. Inoltre, fecero trasferire famiglie con molte figlie giovani in modo da fornire sposi a ex militari non sposati. Un totale di 5.720 famiglie furono ricollocate in questo periodo iniziale in circa cento villaggi vuoti a Cipro.

L'uso del reinsediamento come metodo generale per lo sviluppo della popolazione turca di Cipro è continuato a intermittenza fino alla metà del diciottesimo secolo. All'epoca dell'arrivo britannico a Cipro nel 1878 sotto l'Alleanza di difesa di Cipro tra la Gran Bretagna e l'Impero Ottomano, circa 95.000 turco-ciprioti risiedevano sull'isola.

La conquista ottomana di Cipro coincise con la graduale stagnazione dell'economia del Vicino Oriente dovuta alla scoperta delle rotte commerciali dell'Atlantico nella metà del XV secolo. Nel giro di un secolo, le affollate acque del Mediterraneo orientale erano diventate un ristagno abbandonato. Molte delle coltivazioni redditizie, come lo zucchero, furono rovinate dalla concorrenza americana nel XVII secolo. Ciò fu in parte compensato dalle piantagioni di cotone che permisero di creare una tradizione di produzione di tessuti fini. Morphou esportava la biancheria, la valle di Marathasa era nota per i suoi indumenti di lana e Nicosia famosa per le sue sete e i ricami in oro.

Durante questo periodo ci fu una serie di rivolte tassate armate che spesso univano sia il greco che il turco contro un governatore particolarmente avaro o un sovrano leader della comunità. Il sistema di vendita dell'ufficio del governatore (pascià), la riscossione delle tasse da parte di un gruppo etnico e l'agricoltura, o la vendita all'asta di tasse, contribuirono a creare un potente gruppo di leader della comunità sull'isola.

L'allora governatore dell'isola, sebbene avesse comandato un piccolo presidio di 3.000 soldati, era relativamente impotente. Esercito' l'autorità per un breve periodo e fu principalmente interessato a recuperare l'acquisto del suo ufficio con il minimo sforzo e il massimo profitto, cosa che riusci' a fare solo attraverso i leader della comunità turca e i vescovi greci.

L'arcivescovo divenne particolarmente influente e nel 1660 fu riconosciuto come rappresentante ufficiale dei greco-ciprioti, con i diritti di accesso diretto al palazzo del Sultano a Istanbul. Nel 1754 l'arcivescovo fu nominato responsabile della riscossione delle tasse e in seguito ottenne il diritto di nominare il capo del servizio civile. All'inizio del XIX secolo l'arcivescovo era diventato quasi più importante del governatore.

Nel 1814, i nazionalisti greci sulla terraferma formarono un'organizzazione segreta chiamata Società Amica (Filiki Eteria). Con il sostegno delle ricche comunità di esiliati greci in Gran Bretagna e negli Stati Uniti, l'aiuto di simpatizzanti nell'Europa occidentale e l'assistenza segreta dalla Russia, progettarono una ribellione per ottenere l'indipendenza dagli Ottomani. L'inizio della rivolta può essere fissato il 6 marzo 1821 quando diversi ufficiali greci dell'esercito russo attraversarono il fiume Prut in Romania. Furono pianificati scoppi simultanei in tutta la Grecia, tra cui Macedonia, Creta e Cipro.

Risulto' che l'arcivescovo di Cipro, insieme ad altri membri del clero e ai principali cristiani, aveva legami con Filika Eteria. La risposta del governatore fu rapida e sanguinosa. L'arcivescovo, i vescovi e molti eminenti cristiani furono massacrati, con conseguente epurazione dei cristiani dall'isola. Alcuni fuggirono dal paese o si rifugiarono presso i consoli europei a Larnaca.

Nel frattempo il vasto Impero Ottomano stava mostrando segni di disintegrazione. Dopo aver schiacciato la rivolta greca con l'aiuto del governatore egiziano Mohammed Ali, intervennero le potenze europee, con la conseguente creazione di un regno greco indipendente nel 1832. Allo stesso tempo, Mohammed Ali inflisse la sconfitta ai suoi padroni ottomani e stabilì una dinastia indipendente in Egitto.

La guerra con la Russia, che era continuata dal 1769, quando i Russi ottennero l'accesso attraverso il Bosforo, indebolì l'impero ottomano e, dopo ulteriori sconfitte nel 1877, alcuni territorio dellAnatolia furono ceduti ai Russi. Ciò allarmò gli Inglesi, che videro l'avanzata russa come una minaccia per il Canale di Suez che era stato aperto nel 1869. Un accordo fu successivamente raggiunto nel 1878 per cui l'Inghilterra avrebbe occupato Cipro, usandola come base per proteggere i propri interessi e difendere Territorio ottomano contro ulteriori invasioni da parte della Russia.