Nel novembre 1973 salì al potere della giunta militare greca il Brigadiere Dimitrios Ioannides, con posizioni ancora meno tolleranti verso la Turchia, tanto che nell'estate 1974 ancora una volta sembrò sul punto di scoppiare una nuova guerra tra le due nazioni (in teoria alleate nella NATO). A Cipro la presenza della giunta greca si faceva sentire in particolare con il ruolo della Guardia Nazionale, i cui ufficiali erano nominati da Atene: il 2 luglio Makarios rese pubblica una lettera aperta in cui denunciava le manovre dei colonnelli greci per minare la sua autorità utilizzando la Guardia Nazionale ed EOKA-B.

La mattina del 15 luglio un colpo di Stato militare greco in piena regola si sviluppò con l'assalto da parte della Guardia Nazionale al palazzo presidenziale, che ne prese il controllo dopo poche ore di combattimento: fu dato l'annuncio della morte di Makarios, che invece riuscì a mettersi in salvo e a riparare a Paphos e da lì a Londra, mentre le forze leali al presidente continuarono la resistenza per alcuni giorni. Lo scopo di questo "golpe" era l'annessione dell'intera isola di Cipro alla Grecia (Enosis). Venne insediato come Presidente Nikos Sampson (noto per le sue azioni contro i Turco-Ciprioti). Il 20 luglio la Turchia, dopo consultazioni con l'Inghilterra, intervenne militarmente, ufficialmente in soccorso della comunità turco-cipriota, e nell'esercizio della garanzia riconosciutale dai Trattati (Inghilterra, Grecia e Turchia erano state nominate garanti dell'indipendenza dell'Isola di Cipro secondo i Trattati di Zurigo e Londra - 1959/1960). In pratica, con l'invasione (denominata Operazione Attila) che si materializzò con uno sbarco sulla spiaggia di Kyrenia e il lancio di paracadutisti sulle montagne intorno a Nicosia, la Turchia mirava ad un'occupazione militare dell'isola. L'esercito turco, alla fine dell'invasione occupò circa un terzo dell'intero territorio ed allontanò circa centottantamila residenti greco-ciprioti verso il sud. Non si hanno notizie certe sul numero di caduti a seguito di questa operazione militare. Le autorità cipriote denunciarono la morte di circa 300 uomini della Guardia Nazionale cipriota, catturati dall'esercito turco dopo lo sbarco e uccisi.

Riunificazione, il programma di Annan e l'entrata nella UE
I risultati delle trattative iniziali fra i lati greco e turco hanno provocato un vasto accordo in linea di principio ad una riunificazione come federazione bi-camerale e bi-zonale, con il territorio assegnato alle Comunità greche e turche all'interno di un'isola unita. Tuttavia, l'accordo non è stato mai raggiunto nei dettagli ed i due lati sono giunti a un punto morto in particolare sui seguenti punti.

Il lato greco:
- ha sostenuto fermamente il ritorno dei rifugiati da entrambi i lati alle proprietà sgomberate nello spostamento del 1974, basandosi sia sulle risoluzioni dell'ONU che sulle decisioni della corte europea dei diritti dell'uomo;
- ha avversato tutte le proposte che non tenessero conto del rimpatrio dei turchi che erano emigrati dal continente a Cipro dal 1974;
- ha sostenuto un'amministrazione centrale più forte.

Il lato turco:
- ha favorito un'amministrazione centrale debole che presiedesse due stati sovrani in associazione volontaria, eredità dei timori iniziali di dominazione da parte dei greco-ciprioti (in maggioranza);
- si è opposto a programmi di demilitarizzazione, citando preoccupazioni di sicurezza.

Le continue difficoltà nell'individuazione di un accordo hanno presentato un ostacolo potenziale all'entrata di Cipro nell'Unione europea, a cui il governo si era applicato dal 1997. Colloqui patrocinati dall'ONU fra i capi greci e turchi, Glafkos Klerides e Rauf Denktaş, sono continuati intensivamente nel 2002, ma senza risoluzione. Nel dicembre 2002, l'UE ha invitato formalmente Cipro ad associarsi dal 2004, insistendo che la partecipazione alla UE si sarebbe applicata all'isola intera, sperando che ciò fornisse un incentivo significativo per la riunificazione. Tuttavia, le settimane prima della scadenza fissata dall'ONU, Klerides è stato sconfitto nelle elezioni presidenziali dal candidato del centro Tassos Papadopoulos. Papadopoulos aveva una reputazione come intransigente sulla riunificazione ed ha basato la sua posizione sul diritto internazionale e sui diritti dell'uomo. Poco dopo, l'ONU dichiaro' il fallimento dei colloqui. Un piano delle Nazioni Unite promosso dal segretario generale Kofi Annan, basato sui progressi che erano stati realizzati durante i colloqui in Svizzera, è stato sottoposto a entrambi i lati in referendum separati il 24 aprile 2004. Il lato greco in modo schiacciante ha rifiutato il programma di Annan ed il lato turco ha votato in favore. La motivazione preponderante contro l'unificazione addotta da parte del lato greco è stata che il programma di Annan non prevedeva ne' il ritorno di tutti i rifugiati greco-ciprioti nelle loro case, né il rinvio in Turchia di tutti i coloni turchi, né il ritiro di tutte le truppe turche di occupazione, né la smilitarizzazione dell'isola. Nel valutare il risultato è anche interessante notare che mentre ai coloni turchi (che compongono la maggior parte degli abitanti del nord occupato) è stato permesso votare, i rifugiati che erano fuggiti da Cipro non hanno avuto diritto di votare in un referendum che infine avrebbe determinato il loro futuro (il loro diritto di ritornare in possesso delle loro proprietà). Nel maggio 2004, Cipro è entrata nell'UE, anche se in pratica ciò si applica soltanto alla parte del sud dell'isola. Nel riconoscimento del sostegno della Comunità Cipriota turca alla riunificazione, l'UE aveva indicato chiaramente che concessioni commerciali sarebbero state raggiunte per stimolare lo sviluppo economico nel nord e che sarebbe rimasto l'impegno a una riunificazione in termini accettabili.